地理信息科学系下设一个本科专业（地理信息科学）、两个硕士点（地图学与地理信息系统、遥感技术与应用）。地理信息科学系成立于2000年，2010年成立地理信息科学与工程研究所，目前该系所拥有教师21名，其中博导6名，教授6名，副教授11名，讲师4名。86%拥有博士学位，大多具有国外留学或工作的经历。
地理信息科学专业（原名为地理信息系统）是江苏省特色专业，2000年开始招生，每年招收两个本科生班。2020年该专业被教育部认定为国家一流本科专业建设点，同年入选江苏省品牌专业，近年来软科专业排名全国前10%。培养目标：本专业培养具备地理信息科学专业基本知识、基础理论、基本技能，接受科学思维和工程实践训练，具有扎实的地理信息科学与技术、计算机科学与技术、地理学等复合知识结构，德智体美劳全面发展的社会主义事业合格建设者和可靠接班人，能够在水利、国土、交通、城建、环保、能源、农业、海洋、林业等领域从事与地理信息有关的科学研究、项目设计与实施、技术开发、工程管理和信息服务等高级复合型人才。毕业生就业去向：本专业自创办以来已在地理信息领域具有较大影响，毕业员工分布在全国各大流域机构、勘测单位以及传统地理信息行业单位以及百度、阿里巴巴、腾讯等互联网企业。
地图学与地理信息系统为地理学的二级学科，于2003年被批准为硕士授予点，2012年又增设了“遥感技术与应用”二级学科，每年招生15-25人。主要研究方向：地理信息系统设计与开发、地理空间智能与流域科学、空间分析与建模、水旱灾害遥感、资源环境遥感。
地理信息科学系聚焦于流域观测-分析-建模，在流域生态环境遥感、数字孪生流域理论与方法、流域多维数据集成与分析等具有综合优势。近5年，主持国家重点研发项目课题3项、国家自然科学基金重点项目与国际合作项目等20余项，荣获省、部级教学和科研奖10余项，包括教育部自然科学奖一等奖和二等奖各一项、地理信息科技进步一等奖、全国高校GIS教学成果奖一等奖等。在《Nature Communications》、《Remote Sensing of Environment》、《中国科学-地球科学》、《地理学报》等高水平期刊上发表论文300余篇，出版教材、专著等10多部，专利20余项。